La Comisión de Licitaciones del Sector Defensa fue creada el 16 de marzo de 2004 y su funcionamiento estaba regido de acuerdo a lo establecido en la Directiva General Nº MD-001-2004 del 15 de marzo de 2004. El Presidente Fundador fue Contralmirante Juan Eduardo Lares.
El 15 de abril de 2008 según Resolución Nº 006181, en concordancia con la disposición derogatoria única del Decreto con rango, valor y fuerza de Ley de Contrataciones Públicas, la cual deroga el Decreto Ley de Reforma Parcial de la Ley de Licitaciones Nº 1.555 de fecha 13 de noviembre de 2001, publicado en Gaceta Oficial Nº 5.556 Extraordinario de la misma fecha, se cambia la denominación de la Comisión de Licitaciones del Sector Defensa (COLISEDE) por Comisión de Contrataciones del Sector Defensa (CCSEDE), manteniendo la organización que tenía para la fecha.
El 29 de mayo de 2008 se publica la Resolución Nº 006688 que dicta la Directiva sobre “Normas para la Organización y funcionamiento de la Comisión de Contrataciones del Sector Defensa”.